深圳海關直屬中華人民共和國海關總署領導，并受廣東分署的監督指導，總部位于深圳市，其業務管轄區域包括深圳市及惠州市。
深圳海關前身為“九龍關”，1887年4月在香港成立。1949 年 10 月，人民政府接管了九龍關并將其總部機構由香港撤回深圳。1950 年1月，根據海關總署的決定，“九龍關”更名為“中華人民共和國九龍海關”，保留“九龍”這個關名，其意義在于顯示中國人民維護國家主權和領土完整的決心。1997年7月1日，香港回歸祖國，本著“一國兩制”的原則，根據國務院的決定，“九龍海關”更名為“深圳海關”，江澤民總書記親筆題寫了“中華人民共和國深圳海關”的新關名。
深圳海關直屬中華人民共和國海關總署領導，并受廣東分署的監督指導，總部位于深圳市，其關區包括深圳市及惠州市。目前全關共有干部員工5600余人，設有45個處級以上機構，其中內設機構19個，隸屬機構17個，派駐機構5個，其他機構4個。海、陸、空監管業務齊全。是全國人數最多的海關。
深圳海關的職能是：依法對經深圳口岸進出境的貨物、運輸工具、行李郵遞物品等進行監管；征收關稅和其它法定由海關征收的稅費；查緝走私；開展貿易統計并辦理其他海關業務。
目前，深圳海關旅檢業務占全國55％，加工貿易監管占全國1/5,快件監管業務占全國1/3，稅收征管約占全國9%,運輸工具監管約占全國70％。
深圳口岸是全國最繁忙的口岸之一，深圳海關也是全國任務最繁重的海關之一，深圳海關以自身特有的位置，在新中國經濟和社會建設的各個時期都發揮了重要作用。改革開放以來，深圳海關主動適應經濟特區發展需要，深化業務改革，加強隊伍建設，不斷完善和改進自身工作，促進地方經濟發展。
（1）簡化外發加工審批手續，實現提前審批、事后報備
外發加工是生產企業降低成本的有效而普遍的做法，在當前形勢下尤為突出，但以前審批條件較為嚴格、手續較為繁瑣。為此，深圳海關進一步簡化了審批手續、規范了審批標準。實施“提前申報、一次審批、分批報備”的辦法，企業可在向海關備案時提前申報合同涉及的所有外發加工業務，經海關審核同意后，企業可通過填寫紙質登記表或者通過外發加工管理系統在事后規定時間內報備外發加工實際收發貨情況。企業可以開展部分工序或全部工序外發加工，對企業申請在關區范圍內開展全工序外發加工的，只要資料真實、齊全、有效，一律同意辦理；對企業在關區外開展全工序外發加工的，區別企業管理類別收取風險擔保。
（2） 簡化內銷作業程序，實現先銷后稅、集中申報
擴大內需是中國應對金融危機的重要措施之一。因此，當企業因國際市場萎縮等原因無法正常履行外銷合同時，深圳海關大幅簡化加工貿易成品、半成品以及邊角余料的內銷手續，主動幫助企業開拓中國市場。海關減少內銷申請單證、加快內銷審批速度，一律實現計算機自動審單；邊角料內銷不再需多個環節審批，做到了“一個窗口、一次受理、限時辦結”。對符合條件的高信用企業，海關還實行了“先銷后稅、集中申報”模式，企業可以先內銷，事后再集中辦理申報和繳稅手續。海關還及時調研、掌握和更新內銷商品的最新價格資料，努力避免國際市場價格波動而海關估價資料滯后給企業帶來的影響。
