馬德里注冊(cè)的缺點(diǎn)：

1、注冊(cè)國家的局限性
    因?yàn)椤恶R德里協(xié)定》最先是由實(shí)施商標(biāo)注冊(cè)原則的國家提出的，所以，以取得所屬國國內(nèi)注冊(cè)作為申請(qǐng)國際注冊(cè)的先決條件，限制了一部分實(shí)施商標(biāo)使用原則的國家的積極性。
    馬德里聯(lián)盟成員國目前只有70多個(gè)國家，一些同我國貿(mào)易聯(lián)系密切的國家目前還不是成員國。我國企業(yè)無法通過馬德里國際注冊(cè)途徑在這些國家取得商標(biāo)注冊(cè)。
2、要求以國內(nèi)申請(qǐng)/注冊(cè)為基礎(chǔ)
    國際注冊(cè)必須以國內(nèi)商標(biāo)申請(qǐng)/注冊(cè)為基礎(chǔ)。在《馬德里協(xié)定》項(xiàng)下，申請(qǐng)必須基于相同商標(biāo)的國內(nèi)注冊(cè)（取得注冊(cè)證書）；在《馬德里議定書》項(xiàng)下，申請(qǐng)可以基于相同商標(biāo)的注冊(cè)申請(qǐng)（收到受理通知書即可），因此，在申請(qǐng)的時(shí)間上有一定的限制。
3、注冊(cè)效力的不穩(wěn)定性
    由于國際注冊(cè)要求以國內(nèi)申請(qǐng)/注冊(cè)/為基礎(chǔ)，五年后才能與原屬國的注冊(cè)脫鉤，因此一旦原屬國的注冊(cè)在五年內(nèi)被撤銷，國際注冊(cè)也隨之將被撤銷，這一情況被稱之為“中心打擊原則”。