來自上海申康醫院發展中心（上海市級公立醫療機構國有資產投資、管理、運營的責任主體和政府辦醫的責任主體）和上海市衛生局注冊加拿大公司的消息都顯示，上海將于2012年全面實行醫保總額預付制。

此前，在2010年，上海市的社區衛生服務中心、全部公立二級醫院和10家三級醫院已經實行了總額預付。

上海的總額預付和“雙控”并非沒有弊端，其中既有總額預付制度本身固有的推諉病人等弊端，也有醫保藥品目錄的制定缺乏科學評估，未能根據實際需求和醫保基金的承受能力相適應。

在上海已經實行了醫保總費用和藥品費用“雙控”措施，即將實行總額預付的的一家三甲專科醫院，每個月的最初幾天都會人滿為患，來配藥的病人擠滿了醫院。形成如此“壯觀”景象的原因在于，一些價格高昂的藥品進入了醫保目錄，甚至注冊巴拿馬公司基本藥物目錄，造成了這些貴重藥品的使用危及了醫院的總量控制，以至于醫院不得不限制或停止使用此類藥品。

“現在有很多聲音質疑，醫保目錄過大，尤其是在國家層面。”上海市衛生局的一位副處長說，“目錄那么大，總額有這么小”，“很貴重的藥成了醫保藥物”，醫院沒有辦法，“我不進這個藥，我不進總可以吧。”

“有些緊俏藥品，月頭2、3號就配不到了”，上述專科醫院醫保辦的一位工作人員說，“有些藥我們（的醫保支付總量）吃不下，納進來，盤子就會崩掉。國家為什么把這個藥納進去？也沒有做經濟學評估。人社部也沒來過我們醫院調研。到底怎么進去的？讓人浮想聯翩。”這位工作人員將由于貴重藥品進入醫保目錄，而造成的配藥難列為他工作中得第一大難題，排在醫院推諉病人之上。

中國人民大學醫改研究中心主任王虎峰認為，應該“科學地對藥品和技術的準入進行評估。”因為制定醫保目錄的過程中，缺乏科學的評估，“成本效益很差的藥品和檢查方法無形中極大地浪費了醫療資源”，“ 醫生想要用，無論多貴都可以用。這是任何國家都不能支撐的。每樣東西必須算筆賬，考慮性價比。未來如果繼續敞口下去，必然資金是不夠花的。”

復旦大學醫院管理研究所所長高解春認為，基本醫療保險應該明確“何謂基本”，現有的醫保基金籌資水平，還有很多醫療項目醫保無力承受。

而在更早實行總額預付的江蘇省鎮江市，該市人社局醫療保險處處長錢小山則指出，一方面，醫療保險應該主要針對個人或家庭無力承受的因疾病及治療可能注冊香港公司引起的經濟風險。但在實際執行中，醫保政策帶有很多福利性的思想，“福利用醫保支付，不符合保險學互助共濟的原理，給基金造成了浪費。”；另一方面，醫療保障的水平應該根據參保人的支付水平決定。當前，城居醫保和新農合都存在籌資水平遠低于城職醫保而保障水平相差不大問題，既要用城職醫保的結余來彌補赤字，又引發了一些實際上已經就業的人群放棄城職醫保，轉向城居醫保和新農合的流動。